Чтобы поместить сертификат КриптоПРО с флешки в реестр, нужно зайти в КриптоПро CSP -> вкладка Сервис:

Нажать кнопку Скопировать. В открывшемся окне выбрать ключевой контейнер, нажав на кнопку Обзор...

Вводим PIN-код от этого контейнера, нажимаем OK

Придумываем имя нового контейнера, вводим его и жмём OK

Выбираем Реестр, затем OK

Устанавливаем пароль на новый контейнер

Нажимаем OK и закрываем окно КриптоПро.

Теперь нужно добавить сертификат в Континент-АП, для чего жмём правой кнопкой на значок в трее и выбираем Установить сертификат пользователя

Выбираем только что созданный ключевой контейнер

Вводим пароль от него

На следующий вопрос отвечаем Да, автоматически, если не получится, то вручную указываем файл root.p7b